まるごとバックアップについて

Windows7です。 Cドライブを、まるごと外付けハードディスクにバックアップしたくて操作中、「このドライブはNTFSで フォーマットされていないのでバックアップできない」とのメッセージが出ました。 NTFSでフォーマットしたら、保存しているデーターは消えてしまうのでしょうか？